سيؤدي التشغيل المنخفض التدفق لمضخات الطرد المركزي على المدى الطويل إلى حدوث العديد من المخاطر والآثار الضارة. ولذلك ينبغي في التطبيقات العملية تجنب هذه الحالة قدر الإمكان، واتخاذ التدابير الفعالة للوقاية منها والتعامل معها.

إن مخاطر تباطؤ المضخات المغناطيسية متعددة الأوجه، بما في ذلك ارتفاع درجة الحرارة، واحتراق المحرك وإزالة المغناطيسية، وتلف المحامل، وتلف المكونات الأخرى، والتجويف، وفشل الختم. ولذلك، عند استخدام المضخات المغناطيسية، تأكد من تجنب الخمول.